辖区民国期间为山面乡。
1949年5月后，以夏林头至泽基山岭为界，南称岭外，北名岭底，本乡居北，因名岭底乡，属清江区；1956年2月撤区并乡，岭外乡并入，仍称岭底乡，属乐清县；1956年8月，乐清县行政区划调整，属虹桥区；1958年公社化时成立岭底管理区，属芙蓉公社；1961年管理区撤销，成立岭底公社，属清江区；1983年12月政社分社，改称岭底乡。
2011年乡镇行政区划调整，将原有岭底乡合并设置芙蓉镇。
2015年12月重新设立岭底乡。