芙蓉始建于东晋宁康二年（374），民国20年(1931)置芙蓉镇。
1949年10月为芙蓉乡；1950年为芙蓉镇；1956年2月芙蓉镇与小芙、雁芙、雁西3乡及岭底乡之小舟山村合并设芙蓉乡，8月县行政区划调整重分为芙蓉、雁芙两乡；1958年设芙蓉管理区，属芙蓉公社；1961年管理区撤销，改为芙蓉公社；1983年政社分设，改称芙蓉乡，属清江区；1985年4月撤乡，改为建制镇；1992年5月小芙乡并入；2011年5月，岭底乡、雁湖乡建制撤销，其行政区域并入芙蓉镇；2015年12月，芙蓉镇管辖范围调整，划出部分区域增设岭底乡。