原高二村解放初属山门乡，1950年属东屿乡，1952年为高墩乡高墩村，1956年属东屿乡高墩高级社，1958年属东屿大队（管理区），1961年为东屿公社高二大队，1984年称高二村委会，属东屿乡，1992年随东屿乡并入山门镇；原高一村解放初属山门乡，1950年属东屿乡，1952年为高墩乡高墩村，1956年属东屿乡高墩高级社，1958年属东屿大队（管理区），1961年为东屿公社高一大队，1984年称高一村委会，属东屿乡，1992年随东屿乡并入山门镇。
2019年，撤销高一村、高二村，合并建立高墩村。