唐前属鄮县、鄞州。
唐开元二十六年（738），以舟山群岛置翁山县，属翁山县安期乡。
大历六年（771）翁山县废，属余姚郡鄮县。
五代后梁开平三年（909），改鄮县为鄞县，属鄞县。
北宋熙宁六年（1073），在旧翁山县地建昌国县，属昌国县安期乡三山里。
元因之。
洪武十九年（1386），朝廷实行""海禁""政策，强徙岛民入内地，次年昌国县废，改属定海县（今宁波市镇海区和北仑区）。
清顺治十三年（1656）十月，朝廷再次强迁岛民入内地。
清康熙二十七年（1688），以旧昌国县地建定海县，属定海县安期乡，有法雨、吉祥、飞沙、梵岙、后岙、虓虎6岙。
清道光二十一年（1841），置定海直隶厅安期乡洛迦庄。
宣统二年（1910），筹办城、镇乡地方自治，属定海直隶厅洛舵乡。
民国初沿袭清制。
1919年，改编城镇、乡自治区，协和乡属定海第七区。
1934年，划分为定海县第五区桃一、桃二、桃三、桃四、桃五5个乡，1935年合并第五区桃花乡，1936年撤区设乡镇联合办事处，属第四办事处。
1945年后为六横区桃花乡。
1949年改设为六桃区桃花乡。
1934年建普陀山乡，属定海县第二区，为普陀山建乡之始。
1945年改为定海县普陀区普陀山乡，1946年又改为定海县沈家门区普陀山乡。
1950年5月解放，仍属定海县沈家门区普陀山乡。
1953年4月，以舟山群岛成立舟山专区，建普陀县，属普陀县普陀区。
1956年，起直隶于普陀县。
1958年10月，改建为舟山县东海公社普陀山大队，1959年1月，设沈家门公社普陀山管理区。
1961年10月，建舟山县普陀区普陀山人民公社。
1962年5月，舟山专区恢复，复属普陀县。
1963年，葫芦岛从普陀山乡析出，成立葫芦乡人民公社。
1984年，撤销人民公社，改建为普陀山乡。
1989年，撤普陀山乡，改建普陀山镇，镇政府驻磐陀庵（梅岑路119号）。
名称沿用至今。