从出土的石锛、石镯表明，新石器时代就有人类在庆元境内繁衍生息。
夏、商、周时，境域为越地（越族聚居地）。
春秋，为越国地。
战国后期（约公元前306年），楚灭越，境域属楚国。
秦，属闽中郡（郡治在今福州市）。
西汉，汉高祖五年（公元前202年），改闽中郡为闽越国；汉惠帝三年（公元前192年），分闽越国瓯越地立东瓯国（治所在今温州市）；西汉始元二年（公元前85年），以东瓯国地置回浦县（县治在今台州市椒江区章安镇），辖今台州、温州、丽水三市区域，属扬州刺史部会稽郡（郡治在今江苏省苏州市）。
东汉建武元年（25年），回浦改名为章安县（县治在今台州市椒江区章安镇），属扬州刺史部会稽郡（郡治在今绍兴市）；建安四年（199年），分章安县置松阳县，属扬州刺史部会稽郡；建安二十三年（218年），分太末县南部置遂昌县，属扬州刺史部会稽郡。
从三国、两晋、南北朝、隋至唐乾元二年（759年），松阳县先后隶属扬州临海郡、永嘉郡、处（栝）州、江南道（或江南东道）栝州；遂昌县先后隶属扬州东阳郡、栝州、江南道（或江南东道）栝州。
唐乾元二年（759年），析遂昌县、松阳县置龙泉县，庆元境域属浙江东道枯州龙泉县。
五代十国，属吴越国处州龙泉县；后晋天福二年（937年），闽国夺取吴越国龙泉县松源乡大部分地（今福建省松溪县溪东、渭田、旧县、河东、茶平，不含钱园桥行政村的松源镇及政和县东平镇和铁山乡锦屏行政村），建松源镇（治在今松溪县旧县村），另半（今屏都、淤上、隆宫、安南、松源、四山、百山祖、合湖、贤良、五大堡、张村、举水、龙溪等乡镇）仍属吴越国处州龙泉县。
北宋，属两浙路（或两浙东路）处州龙泉县。
南宋庆元三年（1197年），析龙泉县松源乡及延庆乡部分地（今龙泉市小梅、查田、茶丰、青溪、四源和庆元县三济、黄真、黄田等地）置县，以宁宗年号“庆元”为名，为庆元县建制之始，属两浙东路处州，县治在濛洲（今庆元县城）。
元初，庆元县属江淮行省处州路；至元二十一年（1284年），改属江浙行省处州路；至正十九年（1359年），改为安南府；旋改为处州府。
明洪武三年（1370年），撤庆元县置庆元巡检司，治在查田（今属龙泉市）；洪武十三年（1380年），复置庆元县，属浙江布政使司处州府；景泰三年（1452年），青田县鸣鹤乡升天西里一部分地域（今江根、竹坪、官塘、左溪、青竹、苏湖、岭头、南峰等乡村）划给庆元县，“延庆乡之半”地域中的小梅、查田、茶丰、青溪等地划归龙泉县。
清，属浙江省处州府。
嘉庆年间，金村、下洋划归龙泉县。
辛亥革命时，隶属浙江军政府处州军政分府。
民国元年（1912年），庆元县直属浙江省都督府。
3年，属浙江省长公署瓯海道（道尹驻今温州市）。
1916年，直属浙江省政府。
1924年6月，属浙江省第九行政督察区。
1937年属第六行政督察区，同年7月改称第七行政督察区。
1949年5月17日，庆元县和平解放。
7月5日，庆元县人民政府成立，属浙江省第七专区，同年10月改称丽水专区。
1952年1月至1963年4月，撤销丽水专区，改属温州专区。
1954年3月，景宁县吴坑乡划给庆元县（今属张村乡）。
1957年5月，龙泉县龙岩村划给庆元县（今属百山祖乡）。
1958年3月，隆宫乡张天村划给福建省政和县。
1958年11月，庆元县并入龙泉县。
1973年7月17日，国务院批准恢复庆元县建制。
1975年3月，四源公社划归龙泉县。
1975年8月18日，庆元县革命委员会挂牌办公。
1981年7月，改称庆元县人民政府，属丽水地区。
2000年，撤销丽水地区，设立地级丽水市，庆元县属丽水市。