明嘉靖年间属来暮乡三十七都和三十八都；1931年分属甲岙、许峰、曹川、许协乡；1935年分属甲峰、曹许乡，属第二区；1946年改称曹村乡；1949年又分为曹许、甲峰两乡，改属马屿区；1950年3月为曹村乡；1956年2月设立曹村（大）乡；1958年9月称曹村生产大队（1959年改称管理区），属马屿公社；1961年改建为曹村人民公社；1984年复置曹村乡；1987年9月撤乡建镇；2011年并入马屿镇；2015年12月复置曹村镇，沿用至今。