清代属临海县承恩乡城门、关头、吴都3庄。
民国时改庄为乡，1940年三门建县后分属城关、山场、双溪3乡。
解放初沿用旧制。
1950年由城关分设城关和下洋2乡，由山场分设山场和吴都2乡。
1956年2月下洋乡并回城关乡，吴都乡撤销，分别并入山场、关头、小雄3乡。
1957年由城关乡析出，复建下洋乡，同年恢复吴都乡。
1961年10月成立花桥、关头、吴都3公社。
1983年9月改建为花桥、关头、吴都3乡。
1985年9月花桥乡改制为镇，辖14村。
1992年5月撤销吴都、关头2乡，并入花桥镇，全镇辖33村。
1996年蜍下村划归小雄镇。
1998年花桥镇东岙村分设东岙、上苏、岭下舒3村。
2018年行政村规模调整后，辖17个行政村。