明洪武十四年（1381）为建德乡十三、十五都。
清乾隆年间（1736～1795）为西北乡十三、十五都；宣统三年（1911）属保仁区。
民国时期先后为大柘区益三乡、一五乡、城区保仁乡、大柘区保仁乡。
1949年解放初沿用保仁乡名，属大柘区。
1950年10月分置益三乡。
1956年3月，益三乡魁川村划入成屏乡后与保仁乡合并改称三仁乡，归县直属。
1958年李家山等6个自然村划入城关镇，改称曙光公社三仁管理区。
1959年2月改称益三管理区和沙口管理区。
1960年2月益三、沙口大队合并改称三仁管理区，属城关区。
1961年7月为三仁人民公社。
1983年10月复置三仁乡，辖14个村。
1985年2月建为三仁畲族乡，属城关区。
1992年5月归县直属。
2010年12月辖8个村。