嵊泗古称北界村，北宋熙宁六年(1073)设，属昌国县蓬莱乡。
宋宝庆《四明志》卷二十：“蓬莱乡，在县东北海中二百五十里。
总五都，管里一，村三。
岱岸里。
岱山村、朐山村、北界村。”以地处昌国县之北部，主岛泗礁山岛古称北界山得名。
由之派生了北界坊、北界巡检司等地名。
宋宝庆《四明志》卷二十在“酒”目下有北界坊名称记载。
宋开庆《四明续志》卷四：“北界（酒）坊，月纳一千一百五十三贯七百七十六文。”其榷酒收入远大于当时称为砂岸税的渔业税收入。
元大德《昌国州图志》卷五：“巡检司五处……北界，在蓬莱乡之第五都弓兵三十名。”明洪武十九年（1386）因海禁，居民迁至内陆，翌年北界村废。
明洪武、清顺治年间，嵊泗经历3次海禁。
清康熙二十七年（1688）展复，二十九年（1690）江浙两省在嵊泗分汛划界，从此进入两省分治局面。
清光绪《崇明县志》卷七：“康熙二十八年（二十九年）以浙盗猖獗申巡洋例，总兵梁鼐委左营游击丁际昌等与浙江定海镇左营游击叶纪等分定洋汛，以洋山、马迹山为界，马迹山脚以南之洋岛属浙江，大羊山脚以北之洋岛属江南，自西至东，洋面山岛俱以两山为准，立碑于小羊山。”康熙五十年（1711）第四次强迁嵊泗居民于内陆。
乾隆年间逐渐再次展复，嵊泗仍为江浙两省分治。
乾隆五十八年（1793），江浙两省官员勘定尽山界的史实及界线走向，并于小洋山立“勘定尽山界碑”。
因此，明清及民国各类志书无嵊泗政区名称记载，仅在“山川”“汛地”等条目下记载部分海岛名称。
1947年9月建立嵊泗设治局。
1949年10月置嵊泗县。
“嵊泗”一名沿用至今。