清港镇地海港旧称“右港”，元代改称清港，有清港渡，明洪武十四年（1381）设清港里。
清光绪年间（1875-1908）设清港村，1934年改为清港乡。
1936年改为清港镇。
建国后沿用清港镇名称。
1958年，属楚门人民公社（大公社）下辖的一个管理区，1961年建立清港人民公社；1984年政社分设时，复置清港镇；1991年3月，建立清港区；1992年5月“撤、扩、并”时，原芳杜乡、凡塘乡和外塘乡的上湫、下湫、袁家、后排4个行政村并入清港镇。