原名树德乡，1930年改名为巷口镇。
1942年为武隆设治局驻地，当时辖19个保。
1951年一至七及十三保续置巷口镇，八至十二保建广杨乡，十四至十九保置青杠乡。
1953年8月扩巷口镇的凤山、水井、芋荷、梓潼等8村建芋荷乡。
扩黄渡、茅坪村与黄莺乡的部分村建黄渡乡。
1955年10月芋荷乡、黄渡乡撤后黄渡、茅坪村划回巷口镇。
1958年5月再扩凤山、青春、梓潼、高桥、四合等十一个村及土坎乡的银山、中赢村复置芋荷乡。
1985年6月巷口镇辖复兴街、建设街、后街、冯家坡4个居民委员会及中堆村，26个居民小组。
1992年，青杠乡、芋荷乡、广杨乡并入，辖复兴街、建设街等7个居民委员会33个居民小组，29个村134个村民小组。
1998年广扬乡划出。
2002年5月荆竹、杨柳、茶坪划入仙女山镇，巷口镇辖7个居委、18个村。
2003年12月，中嘴乡（除柏香村夹二岩村民小组外），青吉乡、广扬乡、蒲板乡和仙女山镇茶坪村一组划入巷口镇，全镇辖49个行政村310个村民小组，8个居委35个居民小组。
2004年5月村（居）委规模调整，49个村合并为21个村。
2017年12月由于区划调整巷口镇分为芙蓉街道和凤山街道。