清光绪七年（1881）属高枧团白济联保，称磨石保；民国二十三年（1934年）属五区山城乡管辖；民国二十四年（1935年）属五区土城联保管辖；民国三十五年（1946年）属树亭乡管辖，为磨石保；1952年归五区管辖。
称磨石乡；1956年，归两河区白济乡管辖；1958年人民公社化运动，改称磨石沟生产大队，归通省公社、白济管理区管辖；1975年撤区并社，磨石村划归为土城公社，称磨石大队；1984年设区建乡，划归红塔区高枧乡管辖，成立磨石村村民委员会；1987年撤区建大乡，划为红塔乡管辖，隶属高枧管理区；2002年归红塔乡管辖；2012年乡改镇，属红塔镇管辖。