秦汉时期，北方多战乱、饥荒，河南、山西、山东、河北农民南迁流往荆襄，荆襄流民沿汉江、堵河寻求生存之地，陆续定在于此地，开山辟地，櫵采而食生存繁衍。
后居民在此开始在此地农耕，“插木为标，挽草为记”，标注自己开垦的范围；民国20年（1931年）贺龙率红三军来房县，开辟革命根据地后，三溪沟村隶属下店二区苏维埃政府管辖；民国21年（1932年）旧政权复辟，民国政府设立一区；民国23年，三溪沟村由一区管辖的军店镇管辖；1949年8月，房县解放，三溪沟村由当时军店区管辖；1952年8月7日，三溪沟村隶属二区管辖；1956年，三溪沟村隶属军店区管辖；1958年11月11日，根据中共中央关于建立农村人民公社的决定，三溪沟村更名为三溪沟大队，由军店公社管辖；1964年底，三溪沟村属军店区管辖；1984年，成立三溪沟村村民委员会；2001年，灯草沟村并入三溪沟村；2006年，高山旗村并入三溪沟村，依旧沿用三溪沟村至今。