秦汉时期，北方多战乱、饥荒，河南、山西、山东、河北农民南迁流往荆襄，荆襄流民沿汉江、堵河寻求生存之地，陆续定在于此地，开山辟地，櫵采而食生存繁衍。
后居民在此开始在此地农耕，“插木为标，挽草为记”，标注自己开垦的范围；民国20年（1931年）贺龙率红三军来房县，开辟革命根据地后，指北村隶属下店二区苏维埃政府管辖；民国21年（1932年）旧政权复辟，民国政府设立一区；民国23年，指北村由一区管辖的军店镇管辖；1949年8月，房县解放，指北村由军店区管辖；1952年8月7日，成立指北乡，隶属二区管辖；1956年，指北村隶属军店区管辖；1958年11月11日，根据中共中央关于建立农村人民公社的决定，指北村更名为指北大队，由军店公社管辖；1964年底，指北村属军店区管辖；1984年，成立指北村村民委员会，隶属军店镇管辖至今；2001年洞子并入指北村；2005年，白果村并入指北村，沿用指北村村民委员会至今。