明朝时期，马踏镇境域设安仁乡。
清朝时期，设清和乡、太平镇。
民国初年，改名马踏乡，属犍为县。
1951年6月，划归井研县。
1952年，分为中心、共和、大同、胜利、同心5乡。
1958年，5乡合并为马踏公社。
1962年，分为马踏、四合、石泉3公社。
1984年，公社改乡。
1985年，乡改镇。
1986年，石泉乡并入。
1992年，四合乡并入。
1995年9月，析置四合乡。
2019年12月，撤销黄钵乡和四合乡，将其所属行政区域划归马踏镇管辖。