镇境夏商周时，为古蜀国领地。
秦朝时属蜀郡，汉朝属犍为郡南安县（今乐山），汉通西南夷后，于清溪镇设清溪驿。
两晋南北朝基本沿袭旧制。
北周属戎州（今宜宾），保定三（563年）年，今犍为县境置沉犀郡，辖武阳县，镇境属之。
沉犀郡郡治一说在岷江东岸，一说在今清溪镇沉犀坝。
隋朝开皇三年（583年），沉犀郡废，改武阳县为戎州犍为县，镇境属之。
唐朝永徽元年（650年），于今清溪镇，在始置惩非镇。
唐朝上元元年（674年），改犍为县属嘉州，镇境属嘉州犍为县并沿袭到今。
宋朝真宗大中祥符四年（1011年），始为犍为县治所，至明朝洪武四年（1371年）作县治所共历360年时间。
明洪武九年（1376年），因清水溪流过，旧有清溪驿，遂改名清溪乡，后改清溪镇。
1910年，改为德裕镇。
民国二十二年（1933年），复改为清溪镇，辖36保。
1953年，土改时分置为清溪镇（只辖街道居民）、龙马乡、永乐乡、沉犀乡、公益乡、四平乡、永安乡、新建乡。
1955年12月，撤销新建乡，将原孝姑15保、榨鼓第9保分别划入孝姑、榨鼓两乡，其余并入四平乡。
1956年3月，永乐乡和沉犀乡并入龙马乡。
公益乡、永安乡并入四平乡，清溪镇仍只辖街道。
1958年9月，龙马、四平、麻柳、九井4乡和清溪镇合并建立清溪人民公社。
1959年7月，撤销清溪人民公社，分置为清溪镇（只辖街道）和龙马、四平、麻柳、九井4个公社。
1962年7月分别从四平、孝姑、榨鼓划出原新建乡辖地建立新建人民公社。
1981年9月，新建公社更名为南岸公社，龙马公社更名为洛江公社。
1990年1月，撤销洛江乡并入清溪镇。
1992年8月，撤销四平乡和南岸乡并入清溪镇。