东晋称宁和里。
宋末形成集镇。
康熙四年（1665）为"台州海防分府"驻地。
清代分设宁海县杨家庄、包家庄和任家庄。
民国时期改庄为乡，分属包家、杨家、和任邵乡。
1912年废亭旁县丞署，建亭旁执法分署。
1940年三门建县后，分属包家乡、杨家乡和任邵乡。
解放后，建亭旁乡，属亭旁区。
1958年冬改为亭旁管理区，属亭旁（区）公社。
1961年以亭旁管理区建制亭旁公社，改属海游区。
1962年回属亭旁区。
1968年12月29日成立亭旁公社革命委员会。
1981年7月改为亭旁公社管理委员会。
1983年改为亭旁乡。
1985年10月改制为亭旁镇，辖19村。
1992年撤邵家、南溪乡、彭赖3乡，合并成亭旁、中门、坝头3乡镇，亭旁镇辖42村。
2001年11月撤中门、坝头2乡并入亭旁镇，辖106村。
2018年行政府规模调整，辖54个行政村。